Причиной разбирательств стали результаты внутреннего аудита, который выявил превышение установленных нормативов бюджетного финансирования. Согласно материалам дела, в 2020 году обе компании предоставили данные, которые стали основанием для получения из бюджета субсидий в объёме, не соответствующем фактическим затратам и нормам. "Турксиб Астану" обвинили в незаконном получении свыше 1 млрд тенге, а Nomadas – в получении 91,2 млн тенге.
Аудиторы посчитали, что если компании уже получили субсидию на часть ставки по кредиту на покупку вагонов по программе №497 (возмещение до 10%), то оставшуюся часть они должны гасить сами, а не включать эти расходы в общую смету для получения субсидий по программе №166 (субсидирование операционных расходов на услуги ж/д сети, локомотивной тяги, ремонт и т. д.) На основании этого заключения комитет транспорта подал в суд, чтобы взыскать с перевозчиков спорные суммы.
Суды первой и апелляционной инстанций встали на сторону государства. Они сослались на то, что предписание аудиторов признано законным в административном суде. Следовательно, требование о возврате денег является обоснованным. Перевозчиков обязали вернуть в бюджет более миллиарда тенге и уплатить многомиллионные госпошлины.