Бауыржан Байбек подчёркивал, что главный источник смога в городе – это автомобили, которые дают до 70-80% всех выбросов, поэтому он запустил так называемую транспортную реформу: расширение автобусной сети, отдельные полосы для автобусов, покупка газовых автобусов и развитие BRT.

Во время пребывания Бауыржана Байбека в должности акима, в Алматы была почти завершена газификация частного сектора. Он говорил, что к началу 2019 года 99% частных домов были подключены к газу, то есть не использовали уголь для отопления, что должно было снизить уровень загрязнения воздуха.

Что касается ТЭЦ-2, одного из самых крупных источников загрязнения, Бауыржан Байбек говорил, что эту станцию нужно перевести на газ. Такое поручение, по его словам, дал первый президент Казахстана Нурсултан Назарбаев. К концу 2018 года подготовили технико-экономическое обоснование (ТЭО), но на практике дело дальше разработки не пошло. За период его руководства акимат:

• обновил автобусный парк (Евро-4, Евро-5 и газовые);
• расширил систему мониторинга качества воздуха;
• запустил мусороперерабатывающий завод;
• установил более 70 пунктов раздельного сбора отходов, чтобы вовлечь горожан в экологические инициативы;
• сделал выделенные полосы для общественного транспорта на крупных улицах и проспектах города и запустили BRT на Тимирязева;
• ввел одностороннее движение на нескольких улицах и построил велодорожки;
• открывал станции метро "Сайран" и "Москва";
• преобразовал Панфилова, в пешеходную зону.

Несмотря на заявления о реформах, ситуация с воздухом в Алматы при Бауыржане Байбеке почти не изменилась. Почти все дома частного сектора подключили к газу, частично обновили автобусы, но вопрос с главными источниками смога – автомобилями и ТЭЦ на угле – так и остался нерешённым.

В 2018 году алматинский активист Альнур Ильяшев подал в суд на акимат, обвинив власти в бездействии. В иске он ссылался на городскую программу по снижению загрязнения воздуха, которую акимат должен был выполнить до осени 2019 года. Однако суд отклонил иск – к тому моменту программа уже была официально отменена.

Незадолго до отставки, на встрече с жителями в 2019 году, Бауыржан Байбек сказал, что смог в Алматы был всегда, объяснил это географией города и назвал людей, подающих в суд на акимат, желающими "заработать на спекуляции".